בישיבת 'נשמת התורה', אנו שואפים לחינוך הנוגע בפנימיותם ובנשמתם הייחודית של כל תלמיד ותלמיד, וכדברי הרש"ר הירש:
[בראשית פרק כה פסוק כז]
חינוך המבוסס על ההנחה שכל תלמיד הוא עולם מלא, השואף להתפתח, לגלות, ללמוד ולהגיע למימוש עצמי, רוחני ואישי.
חינוך שפונה אל הלב ואל השכל בבחינת 'וידעת היום' 'והשבות אל לבבך'
'והשבות אל לבבך' הפנייה אל הלב, מתוך הבנה, שכל החיים בנויים על רגשות ועל חיי חברה, על חוויות ושיתופי פעולה. חינוך שנובע מקשר של קיימא ביחסי רב ותלמיד. תלמיד שחווה הערכה והצלחה, גודל לתלמיד חכם השלם באישיותו ובתורתו
'וידעת היום' אל השכל, מתוך הבנה, שבאמצעות תהליכי חשיבה, אדם לומד את תורת ה', את עצמו ואת העולם שמסביבו.
חינוך שנוגע 'בנשמת התורה' הוא חינוך שמכיר לאדם את עולמו הפנימי והחיצוני, באמצעות המפגש בין ערכי התורה לעולם הפנימי של התלמיד.