ישיבת 'נשמת התורה' חרתה על דגלה, את לימוד התורה, כבסיס לחינוך. לימוד תורה שיביא אותנו לקשר עם הקב"ה וכדברי המדרש:
ספר המצוות לרמב"ם, מצוות עשה ג'
דגש על 'גדול תלמוד שמביא לידי מעשה' - לימוד שמוביל למעשה הלכתי טהור וחיבור אמיתי למציאות החיים.
מאירים לתלמידים את דרך ה' בתוך מורכבות החיים, דרך לימוד העיון, הבקיאות ושיחות בישיבה.
לימוד ספרי מחשבה העוסקים בשאלות החיים, במישור ההשקפתי והמוסרי.
בניית אישיות התלמיד על פי הערכים שמקנה התורה שילך בדרך הישר והטוב וימצא חן בעיני אלוקים ואדם